En Carter, curat de la seva mutació, decideix tornar a la universitat en molt mal moment, perquè en Daregg ha fet servir el seu transportador per fer venir en Trinxant i en Krang de la Dimensió X amb l'objectiu d'aprendre més coses de les Tortugues i del seu armament i, d'aquesta manera, acabar per sempre amb els nostres herois.