Les Tortugues han decidit fer pinya amb una criatura aquàtica ben peculiar per anar fins a la meravellosa ciutat submergida de l'Atlàntida i ajudar-la a recuperar-ne el tron. Resulta que en Trinxant els ha envaït i ha proclamat en Bebop rei de l'Atlàntida, amb l'objectiu d'apoderar-se de la seva misteriosa tecnologia.